I de judiska kvarteren måste man också beundra den nyrestaurerade spanska synagogan, strax utanför den egentliga Josefsstaden. Orsaken till att Prag har en spansk synagoga är att Spanien under den arabiska tiden var ett rätt tolerant samhälle, där muslimer, kristna och judar levde i relativ sämja tillsammans. När de kristna fundamentalisterna under Ferdinand och Isabella tog över fick de icke-kristna fly i största hast eller bli avrättade av inkvisitionen. En av de få platser dit judarna kunde undkomma var Prag, och många judar från Spanien fann en fristad där. Den judiska kulturen i staden påverkades på många sätt av den spanska invandringen. Den spanska synagogan är byggd senare, men under påverkan av den spanska traditionen bland Prags judar.